Thiếu lực lượng chuyên trách và thiếu cơ chế điều hành. Còn với Bộ GD-ĐT, phải tập trung đầu tư giải quyết dứt điểm tình trạng yếu kém về cơ sở vật chất nhà trường; ưu tiên đầu tư phát triển GDPT ở những vùng có điều kiện KT-XH đặc biệt khó khăn, vùng đồng bào dân tộc thiểu số, tương trợ các đối tượng chính sách và phát hiện, bồi dưỡng học sinh khiếu, các hào kiệt trẻ. Theo Chủ nhiệm Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội Đào Trọng Thi, tốn nhiều tiền, nhiều văn bản nhưng CTSGK vẫn còn thiên về truyền đạt tri thức, chưa chú trọng đúng mức việc đoàn luyện tư duy sáng tạo và năng lực tự học, chưa cân đối dạy “chữ” với dạy “người”, giáo dục đạo đức, lối sống, lịch sử, văn hóa dân tộc cũng như định hướng nghề.
Đặc biệt, thiếu đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm, hoạt động ngay trong lĩnh vực phát triển chương trình GDPT, chưa tổ chức lấy quan điểm rộng rãi của đông đảo các nhà khoa học, nhà giáo, nhất là các nghiêm đường giảng dạy THCS và THPT. Một số nội dung, bài tập có độ khó, phức tạp cao hơn so với yêu cầu của chương trình. Dành nhiều tiền để đổi mới chương trình giáo dục phổ quát, quy trình biên soạn CTSGK nhưng lại không có tổng chủ biên chung cho môn học của toàn bộ các cấp học.
Một số thuật ngữ còn trừu tượng, một số cảnh huống gượng ép. SGK chưa cung cấp các tri thức đặc thù về địa phương, vùng miền, dân tộc để chọn lựa dạy học cho hiệp với các đối tượng học trò khác nhau.
Cách dùng từ, thuật ngữ, khái niệm và ký hiệu, cách tiếp cận trong SGK chuẩn và SGK nâng cao ở một số môn học cấp THPT có chỗ chưa thống nhất; còn có sự sai sót về kiến thức, chưa chuẩn xác về khái niệm và thuật ngữ khoa học, chưa hợp nhất về chính tả, nhất là đối với danh từ riêng và các từ phiên âm tiếng nước ngoài. Liên tưởng đến việc nâng cao chất lượng CTSGK, từ năm 2000 đến 2012, Quốc hội đã ban hành 2 luật, 4 quyết nghị; Chính phủ ban hành 31 nghị định, 1 quyết nghị; Thủ tướng Chính phủ ban hành 26 quyết định; Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ ban hành 121 thông tư, thông tư liên tịch, 125 quyết định và nhiều văn bản quan yếu trong việc chỉ đạo dạy và học, về chế độ, chính sách đối với với giáo dục phổ biến (GDPT).
Dung lượng một số bài chưa thích hợp với thời lượng dạy học. Để khắc phục những bất cập trên, ông Thi kiến nghị, QH cần ban hành nghị quyết đổi mới CTSGK thực hành sau năm 2015 và đưa Dự án Luật Nhà giáo vào Chương trình xây dựng Luật, Pháp lệnh của Quốc hội khóa XIII, nhằm thiết chế hóa các chủ trương, đường lối, quan điểm của Đảng liên can đến nhà giáo, trong đó có những chế độ, chính sách đặc thù đối với nhà giáo mà Luật nhân viên, Luật Cán bộ, công chức không thể quy định cụ thể.
Tri thức ở một số cuốn SGK tái bản chưa cập nhật với thực tế đã thay đổi. Kiến thức trong SGK một số môn bị phân khúc, tách rời, gián đoạn, thiếu tính liên thông; việc xác định khối lượng và tính chất những đơn vị kiến thức được tuyển lựa đưa vào CTSGK ở một số môn còn thiếu tính sư phạm, quá tải về nội dung, chưa gắn với thực tế.
