Việc tư nhân hóa trọng tâm NACCS lên đường từ đặc điểm là hệ thống NACCS phục vụ cho cả khu vực tư nhân và khu vực công, nhằm đích nâng cao hiệu quả cung ứng quốc tế và sức cạnh tranh giữa các cảng biển và trường bay
Cũng từ đặc điểm này mà nhân sự tại đây được phân chia theo tỉ lệ 50/50, tức thị một nửa là viên chức Chính phủ (cán bộ thương chính và một số cán bộ thuộc các cơ quan khác), nửa còn lại đến từ các công ty tư nhân lớn.
Ngoài ra, trọng tâm Kudan cũng quản một số hệ thống vệ tinh nhỏ như COMTIS (Hệ thống thông tin và thu thuế đối với thư tín quốc tế), ACTIS (Hệ thống thông tin và thu thuế đối với hàng đường không), COMOS (Hệ thống kiểm tra và mạng thông báo hàng đường biển). Trọng tâm Kudan được cơ cấu thành 7 phòng chức năng với trên 60 biên chế.
T. Đối với khối tư nhân, các đối tượng hoạt động trong lĩnh vực logistics, đại lý làm thủ tục hải quan, nhà băng, doanh gia hoạt động XNK là những đối tượng chính dự dùng hệ thống. Văn phòng chịu trách nhiệm giám sát tất tật các hệ thống CNTT, bao gồm cả hai trọng tâm NACCS và Kudan, mạng thông báo.
Trọng tâm Kudan chịu trách nhiệm chính quản lí, vận hành, phát triển và nâng cấp hệ thống CIS (hệ thống thông tin thương chính phục vụ riêng cho mục đích quản lí của cơ quan hải quan). Nhìn vào mô hình tổ chức quản vận hành NACCS/CIS của Nhật Bản có thể thấy nó được hình thành từ nhu cầu tinh giảm bộ máy trung ương và tăng cường sự dự của khu vực tư, qua đó nâng cao tính cạnh tranh trong cung ứng dịch vụ song vẫn bảo đảm sự kiểm soát của Chính phủ đối với các hệ thống.
Ban lãnh đạo gồm 1 Tổng giám đốc và 3 tổng giám đốc. Phí giao tiếp dùng hệ thống NACCS chính là ngân sách để duy trì hoạt động của trọng tâm. Trọng tâm Kudan được đặt tại thương chính vùng Tokyo song ít chịu sự chi phối từ thương chính Tokyo mà cốt tử duy trì mối quan hệ dưới hình thức ít, đàm luận, tham vấn trong công việc.
Trọng điểm NACCS có 5 phòng. Trọng tâm Kudan - vận hành, phát triển hệ thống CIS trọng điểm Kudan là đơn vị thuộc thương chính Nhật Bản, được thành lập trong bối cảnh tinh giản bộ máy tổ chức ở cấp trung ương và đẩy mạnh phân cấp về địa phương. Trung tâm điều hành hệ thống thông quan hàng hóa tự động (NACCS) Việc cai quản và điều hành Hệ NACCS được tập hợp về trọng điểm NACCS.
Hiện Trung tâm NACCS có 107 người (khi mới thành lập có 25 người). Để thực hành nhiệm vụ này, trọng tâm NACCS kí hiệp đồng với Công ty NTT Data để bảo trì, nâng cấp phát triển hệ thống. Trọng điểm này là đơn vị sự nghiệp có thu. Bây giờ, trọng tâm NACCS chịu bổn phận cai quản hệ thống NACCS và tham dự vào việc phát triển và nâng cấp chương trình và cung cấp các dịch vụ liên quan đến vận hành hệ thống NACCS.
Về phía các cơ quan Chính phủ có: cơ quan thương chính; cơ quan quản ngại nhập cư và hành khách xuất nhập cảnh; cơ quan kiểm dịch động, thực vật; cơ quan kiểm soát vệ sinh an toàn thực phẩm, dược phẩm; cơ quan quản cảng; cơ quan biên phòng; các văn phòng quản lý thương mại; chính quyền địa phương. Đến tháng 10-2008, cơ quan này chính thức được cổ phần hóa, trong đó Nhà nước là cổ đông chi phối (chiếm trên 50%) để đảm bảo quyền kiểm soát của Chính phủ đối với việc bổ nhiệm Ban giám đốc cũng như vận hành toàn bộ hệ thống.
Văn phòng quản ngại thông tin Là đơn vị trực thuộc Tổng cục hải quan Nhật Bản nằm trong Bộ Tài chính, có bộ máy gọn nhẹ với khoảng 12 người.
Bên cạnh đó, trọng tâm cũng phối hợp với Trung tâm NACCS dự quản ngại và vận hành hệ thống NACCS ở một mức độ giới hạn, đa số can hệ đến nghiệp vụ hải quan như thuế suất, chính sách,… Nhân sự tại trọng điểm Kudan là cán bộ, công chức hải quan được tuyển lựa từ các lĩnh vực nghiệp vụ khác nhau, được đào tạo tại chỗ về kĩ năng cai quản, vận hành hệ thống.
Trung tâm NACCS được thành lập vào tháng 5-1977 dưới hình thức một tổ chức thuộc Chính phủ và chuyển thành cơ quan hành chính độc lập vào tháng 10-2003. Bình. Trọng tâm Kudan kí giao kèo với các công ty tin học để bảo trì kĩ thuật, tương trợ vận hành, nâng cấp phát triển hệ thống. Các bên tham gia sử dụng và vận hành hệ thống NACCS bao gồm cả khối cơ quan công và khối tư nhân.
Mọi giao dịch trên hệ thống NACCS đều được tính phí. Văn phòng là nơi đưa ra quyết định về định hướng phát triển, nâng cấp các hệ thống CNTT của thương chính và chịu bổn phận về phân bổ ngân sách đầu tư, soát, giám sát mua sắm đấu thầu các hệ thống CNTT.
